本发明属于生态修复技术领域，公开了一种国土空间生态修复关键区识别系统，包括：数据采集模块、多源数据集成处理模块、分析模块、评价模块、模型构建模块、综合评估模块、修复识别网络构建模块、修复识别模块、结果输出模块。本发明基于国土空间“要素‑格局‑过程‑服务”级联框架，并强调山水林田湖草要素一体化测算评价，布局生态安全网络、维护生态安全，进而实现多尺度、多层级的生态修复关键区的识别技术，可广泛应用于国土空间生态修复方案制定、规划编制中，特别是针对区域社会‑生态耦合关系与互馈机制分析，生态环境状况、生态功能重要性、脆弱性评价研究，以及生态修复重点地域的识别等方面具有较强的参考意义与借鉴价值。