本发明公开了利用微生物固定化膜生物反应器运行厌氧氨氧化的方法，包括曝气池、一级沉淀池、生物处理池、二级沉淀池，需要进行处理的废水从曝气池中输入，经过处理的处理水从二级沉淀池中输出，所述生物处理池包括有一级生物反应器、二级生物反应器和三级生物反应器，所述一级生物反应器、二级生物反应器和三级生物反应器相互之间连通设置，且每一个所述生物反应器的输入端均与一级沉淀池连通。本方法使用微生物固定化膜进行除氮，微生物固定化膜可以被多次重复使用，且不消耗额外的能耗，稳定性能好，能够良好的进行生物反应，其中三个生物反应器可以同时使用也可以分开使用，可以用于一次生物反应液可以进行二次生物反应。