本发明公开了一种测序数据处理流程的监控方法以及装置。其中，该方法包括：获取测序数据处理流程的目标标签，其中，目标标签用于标识测序数据在预定处理流程中的运行状态；根据目标标签执行预定处理流程，生成预定处理流程的执行结果；根据执行结果对预定处理流程进行监控。该方法利用目标标签来标识测序数据在预定处理流程中的运行状态，并根据目标标签来执行预定处理流程，可以将预定处理流程执行过程中运营经理与信息人员的沟通降低到最低，进而解决了现有技术中采用运营经理与信息人员互动的测序数据分析模式，存在人工时间长，人效低，周期长的技术问题。