本发明公开了一种利用准二维色谱法分离糖和酸的工艺，所述准二维色谱系统包括含有H型阳离子交换树脂的第一维色谱柱和含有弱极性吸附树脂第二维色谱柱；所述工艺包括如下步骤：S1：通过第一维色谱柱脱除含糖和酸的混合溶液中的无机酸和部分糖；S2：将第一维色谱柱中剩余的糖和有机酸转入到第二位色谱柱中；通过第二维色谱柱脱除剩余的糖和有机酸。本发明通过联用两种对糖酸混合物具有不同分离特点的树脂并结合二维色谱的设计思路，提出了一种新型准二维色谱法。通过本发明技术方案可实现硫酸、木糖和乙酸的回收率分别为100％、99.6％、100％，木糖的质量纯度为99.9％，并回收了42％的洗脱水。