本实用新型涉及医疗器械技术领域，具体涉及一种具有磁定位功能的输尿管软镜及输尿管镜位姿估测系统。输尿管软镜包括：镜管，包括依次相接的先端部、弯曲部、插入部；所述先端部设置有第一磁定位传感器，用于检测第一磁定位信号，并所述第一磁定位信号传输给导航系统服务器；贯穿所述镜管的照明导光束，所述照明导光束的一端连接光源，另一端靠近或位于所述先端部，以便将所述光源发出的照明光传递到所述先端部；所述先端部设置有摄像模组，所述摄像模组用于在所述照明导光束所传递的光的作用下，捕获第一图像，并将所述第一图像传输给所述导航系统服务器，使得所述导航系统服务器通过图像显示器显示所述第一图像。