本实用新型公开了一种尾水过滤装置及船式渔业养殖系统，该尾水过滤装置包括第一回收管、第二回收管、具有第一入口的内层滤网、具有第二入口的外层滤网；内层滤网的表面分布有多个第一网孔，外层滤网的表面分布有多个第二网孔，第一网孔的孔径大于第二网孔的孔径；内层滤网设置于外层滤网的内腔中并与外层滤网相连接，第一入口与第二入口朝向相同；第一回收管的一端与内层滤网的底部相连通且其通路上设置有第一阀门；第二回收管的一端与外层滤网的底部相连通且其通路上设置有第二阀门。本实用新型公开的尾水过滤装置及船式渔业养殖系统解决了现有通过人工潜水作业的方式对积存于养殖舱底部的污染物进行集中清理所存在的便利性较差的技术问题。