本实用新型提供了一种汽车防水车载电机控制器，包括壳体和控制器主体，壳体的上方设有端盖，端盖上开有多个连接孔，壳体上方的开口处开有与连接孔对应的安装孔，且连接孔与安装孔通过螺栓连接，端盖的下端设有密封壳体开口处的防水胶垫，控制器主体安装在吸热板上，吸热板的另一端设有散热组件，控制器主体的一侧连接有防水接头，防水接头穿出壳体与电缆线的接头连接，防水接头的接口处套有密封胶圈，壳体的内壁上覆盖有密封油层，壳体的两侧设有便于车载安装的安装栓；本实用新型通过防水胶垫、密封油层防止水汽进入壳体内部腐蚀控制器主体，防水接头用于对电缆线做防水处理，散热组件用于对控制器主体进行散热，达到保护电机控制器主体的目的。