本实用新型公开了一种基因工程用生物制药干细胞反应设备，涉及细胞反应设备技术领域，包括放置反应箱和设置于其正面的密封门，所述放置反应箱的内腔底部设置有定位凸台，所述定位凸台的上方设置有装载筒，且定位凸台的顶部前后两端均设置有定位外侧架，所述装载筒位于定位外侧架的内侧，所述定位外侧架的内表面均嵌设有连接磁力块，所述装载筒的内腔活动连接有可活动清洁机构,所述可活动清洁机构包括定位架、软胶清洁架和传动磁力条。本实用新型可减少黏稠的细胞液对装载筒的内壁的黏附凝固现象，进一步提高了干细胞反应工作的效率，同时能够使定位侧板和可活动清洁机均能够根据装载工具的大小进行调整定位，进一步提高了该设备的实用性。