本实用新型提供一种污泥发酵系统，包括多个发酵槽、设置于发酵槽一端的行车轨道、翻抛机、上料机、移行车以及控制系统，所述翻抛机以及上料机均采用自驱动方式，所述控制系统包括处理器以及控制移行车在行车轨道上运行的控制电路；其中，在每个发酵槽靠近所述行车轨道的一端均设有接近传感器，所述控制电路包括驱动移行车的电机M、连接于电机M运行回路中用于控制电机M正转的开关SB1以及反转的开关SB2；所述控制器连接接近传感器以及控制电路，基于接近传感器的信号控制开关SB1或开关SB2动作。仅通过一个移行车能够实现翻抛机和上料机的自动移行，能够降低系统运营成本。