本实用新型属于固相反应装置领域，本实用新型公开了一种微波多肽合成仪。包括：微波强化系统，所述微波强化系统包括微波发生器、微波腔体和微波屏蔽门，运动反应系统，所述运动反应系统包括运动电机、电机连接轴和固相反应器，所述固相反应器通过管路控制系统与储液罐连接，所述固相反应器通过运动反应系统驱动在微波腔体内运动；液体控制系统，所述液体控制系统用于控制不同液体定量流动；总控制系统，所述总控制系统通过识别上位机特定指令完成对所有部件的精确控制；结构外壳。本实用新型的微波多肽合成仪解决固相合成反应速率慢、反应进程不充分、反应进程中副反应多等问题。