本实用新型提供了水厂混凝投药自动控制系统，包括控制器，所述控制器的输入端和输出端分别设有流量计以及供药装置，所述计量泵通过供药管连通设置有排药组件，控制器通过流量计统计污水量，计量泵通过供药管抽取供药装置内部药液至排药组件间断排出。本实用新型使用时，流量计安装在沉积反应池的进水管中，污水排入沉积反应池时，控制器通过流量计统计污水的总量，然后控制供药装置供给相应配量的药液，计量泵对药液计量后，通过供药管将药液抽送至排药组件，排药组件间断式为沉积反应池添加药液，该投药控制系统可间断式为沉积反应池的内部投入药液，进一步提高污水的处理效果。