本实用新型公开了一种双Y轴加工中心，包括床身，沿床身并列设置的两组Y轴轨道，位于床身上分别设置在两组Y轴轨道上的两个加工台，与两个加工台分别对应的两组加工主轴，床身上还设置了用于安装两组加工主轴的龙门架，在加工台前端安装有宽度与Y轴轨道适配的前侧柔性防护垫，前侧柔性防护垫的另一端安装在Y轴轨道的前端，加工台向前移动时前侧柔性防护垫可弯折。其采用双Y轴的加工台配合了两组独立的加工台，保证了每个加工台都能够被充分利用起来，大幅提升了工作效率；加工台设置了柔性防护垫能够保证加工时所产生的碎屑无法落入到下面的钢琴防护罩或伸缩式钢板防护罩上，有效保护原有的双层防护也有效的保护驱动组件，提升产品寿命。