本实用新型公开了一种全自动芯片电脑控制双极膜电渗析装置，属于电渗析技术领域。一种全自动芯片电脑控制双极膜电渗析装置，包括外壳，所述外壳内设有安装板，所述安装板内安装有芯片电脑，所述安装板后侧设有与有芯片电脑外端面贴合的水管，所述水管呈C型设置，所述安装板前端面上下两侧固定有与水管连接的进水接头与出水接头，所述进水接头与出水接头后侧固定有与水管连接的流量计与水泵。本实用新型通过水管内水分的流动，提高对芯片电脑的散热效果。