本实用新型公开了一种燃料电池水稻扬谷机及扬谷机系统，其中一种燃料电池水稻扬谷机包括：机体，设置有风选模块；燃料电池模块，设置在所述机体上，所述燃料电池模块与所述风选模块电连接；供氧件，与所述燃料电池模块连接；储氢件，设置在所述机体上，所述储氢件与所述燃料电池模块连接。储氢件与供氧件分别为燃料电池模块提供氢气与氧气，氢气与氧气在燃料电池模块中反应产生电能驱使风选模块工作，进而能够进行风选作业，燃料电池模块工作过程中只会产生水，对环境无污染，储氢件与供氧件能够与机体一同移动，以此能够避免机体移动范围受到限制，令使用更加便捷。