本申请公开了微孔板液面检测系统，适用于检测微孔板孔内液体的液面。所述微孔板液面检测系统包括一安装架、一三轴位移组件和至少二液面检测元件。所述安装架用于承接所述微孔板。所述三轴位移组件被可定向移动地设置于所述安装架。两个所述液面检测元件中的一个被定义为第一检测元件，另一个被定义为第二检测元件，所述第一检测元件的检测范围大于所述第二检测元件，所述第一检测元件的精度小于所述第二检测元件，所述第一检测元件和所述第二检测元件均被设置于所述三轴位移组件。通过所述三轴运动组件带动所述液面检测元件对所述微孔板液面实施两次检测，能够得到精准的液面数据。