本申请公开了一种蛋白纯化装置，包括若干个纯化柱以及对纯化柱进行温控的温控机构。温控机构具有一温控腔和若干个温控位，温控腔用于盛放温控流体，温控位与纯化柱一一对应，用于独立地可拆卸安装纯化柱，并使得温控位处形成一个可与温控腔导通或隔断的温控单元，以对每一温控单元内的纯化柱进行温控。其中，温控机构还具有用于对温控位进行开合的第一开合部，纯化柱具有用于连接于温控位的第二开合部，第二开合部可拆卸连接于第一开合部。该蛋白纯化装置，可为温控位形成的温控单元独立地与温控腔导通或隔断，实现了对多个纯化柱进行温控处理时无需进行整体拆卸，实用灵活。