本实用新型提供了变形缝防水密封件及底板防水结构，涉及建筑防水技术领域，解决了现有技术中止水带失效渗漏的问题，底板防水结构包括在变形缝内设置的止水带和变形缝防水密封件，在变形缝内的变形缝防水密封件之的外空间设置填缝结构。变形缝防水密封件的软质的橡胶条包括身体和设置于身体根部的横向上相对两侧的支脚，支脚朝向外侧并斜向下延伸，身体的根部与两支脚之间形成内凹的端槽；两纵向的橡胶条在竖向上依次设置，支脚一一对应并抵接，两橡胶条的端槽相对设置并对合形成变形孔，变形缝防水密封件的硬质保持棒纵向设置于变形孔内，变形孔的竖向尺寸大于保持棒的直径。本实用新型能够在止水带失效后起到防渗的作用，维持变形缝的正常使用。