本实用新型提供手自动切换的三维定量荧光录井分析仪，涉及三维定量荧光录井技术领域，包括机壳底板和手自动切换样品池，所述机壳底板的顶部固定有光源，所述光源的后侧设置有单色仪，所述单色仪的底部固定在机壳底板的顶部，所述手自动切换样品池的一侧设置有样品泵，所述样品泵的一侧设置有试剂泵。本实用新型中，用于对样品的检测，主要有手动和自动两种实施方式。此外还可以进行样品瓶中试剂的注入，可以在两个模式进行灵活地切换，使得人员可以进行不同模式的检测工作，从而提高设备的使用效果。