本实用新型提供了一种基于深水船舱式的人工湿地处理系统，包括：船舱本体、进水子系统、排水子系统、微曝气子系统及过滤刮板子系统；微曝气子系统包括微孔曝气管和鼓风机；船舱本体内填充有组合填料；微孔曝气管设置在船舱本体底部；过滤刮板子系统设置在组合填料上面；进水子系统用于将待净化污水引入到过滤刮板子系统上；过滤刮板子系统用于对待净化污水进行过滤处理，得到过滤杂质和一次过滤后的水，并将过滤杂质运输至指定区域，将一次过滤后的水引入到组合填料上；排水子系统用于将位于微孔曝气管区域处的净化水排出船舱本体外。本实用新型能够在不占用待净化水域旁侧土地的基础上，实现水体去富营养化目的。