本实用新型公开了一种底栖生物涡流分选装置，包括分选筒体和支撑系统，分选筒体安装在支撑系统上，分选筒体为开口式结构，筒体底部设有法兰端盖，筒体的底部设有底泥排出口和侧排口，底泥排出口处设有控制开关，筒体内设有三层过滤筛网，三层过滤筛网与筒体内壁可拆卸连接，三层过滤筛网的网孔尺径从上至下依次减小；支撑系统包括支架、架圈、底脚横梁架、连接架杆，支架中部设有第一架圈，第一架圈与支架通过连接架杆进行固定，支架顶部设有第二架圈。本实用新型主要利用生物较砂粒等更轻的特点，利用水流产生的涡流将生物样品浮于水面，进而用水流裹挟生物进入筛网，底栖生物根据大小依次被过滤筛网层层截留，达到快速分拣生物样品的目的。