本实用新型提供了一种生物制药发酵尾气深度处理装置，包括罐体，所述罐体的一端设有进气口，另一端设有排气口，所述罐体内设有设有碱洗室、氧化室、脱水室和末端吸附氧化室，所述碱洗室底部借助管道与罐体进气口相连、所述碱洗室上部借助管道与氧化室底部相连，所述氧化室上部借助管道与脱水室底部相连，所述脱水室上部借助管道与末端吸附氧化室底部相连，所述末端吸附氧化室上部借助管道与罐体排气口相连。本实用新型其设计合理，结构简单，可以满足发酵尾气的排放标准，可以大大降低生物制药发酵尾气的处理成本，可以深度处理尾气残留的恶臭成分，使得生物制药发酵尾气达到排放标准。