一种生物发酵法自动清理笼养畜禽粪便的装置，包括第一机架，所述第一机架上设有养殖笼，所述养殖笼的下方设有传送带，所述养殖笼的侧面设有垫料加装系统，所述传送带的末端设有用于收集传送带上传输物料的收集装置；饲养过程中畜禽产生的排泄物直接掉落至传送带的垫料混合物上，排泄物与垫料混合物发生化学反应，达到降解畜禽排泄物，杀灭排泄物内引起传染病的微生物，防止污染环境和传播疫病，并且采用传送带与收集装置相互配合收集畜禽排泄物的方式，自动化程度较高，降低了养殖人员收集禽畜粪便所需的工作量，并且将传输物料统一移动至指定的堆肥地点进行畜禽粪便堆肥，减少了堆肥的占地面积，改善养殖厂内的养殖环境，降低畜禽疾病的发生。