本实用新型涉及清洗消毒领域，具体而言，涉及一种萌发菌菌种分离纯化的消毒装置，其包括罐体，罐体内设有隔板，隔板将罐体的内腔分隔为用于消毒的上腔体和用于风干的下腔体；上腔体具有进液口、出液口和进料口，且上腔体内设有搅拌机构；隔板具有第一出料口，且隔板设有用于密封第一出料口的下料机构；下腔体具有第二出料口，且下腔体内设有风干机构。该消毒装置的罐体内设有上腔体和下腔体，上腔体用于浸泡天麻原球茎，通过浸泡除去天麻原球茎中的杂菌，在搅拌机构的作用下，天麻原球茎与液体的混合更加均匀，浸泡更加充分。在下腔体中设有风干机构，经过浸泡后的原球茎在下腔体中被风干，风干后的原球茎直接从第二出料口排出，方便收集原球茎。