本实用新型公开了一种基于水刀的组织匀浆器，包括进样组件、接样组件与水刀组件；接样组件顶部具有第一开口；进样组件包括驱动板与进样管，进样管的一端具有第二开口，第二开口位于第一开口的正上方，驱动板滑动连接在进样管内；水刀组件包括储箱、加压机构、管路机构、第一喷头与第二喷头，第一喷头、第二喷头均与储箱相连通，第一喷头的喷嘴朝向第一开口，第一喷头的喷嘴朝向第二开口；第一喷头具有沿x轴运动的行程，第二喷头具有沿x轴与z轴运动的行程。采用水刀替代传统切割方式，具有无热效应产生等优势，不仅能够得到尽可能小的组织团块，还可以大幅度减少对组织的损害，减少原料损失和人工操作带来的不确定性，提高实验结果的准确性。