本实用新型公开了一种除菌过滤的软袋包装灭菌设备，包括支撑架，支撑架底部的一侧安装有水箱，水箱一侧的支撑架底部安装有循环泵，且循环泵的进水端通过软管连接至水箱的内部，支撑架底部的一侧安装有灭菌罐，且灭菌罐一侧的外壁上安装有排液管，灭菌罐的两内侧壁上皆安装有紫外线杀菌灯，循环泵的出水端安装有开关阀，开关阀的一端安装有冷却软管,冷却软管远离开关阀的一端延伸至灭菌罐的内部。本实用新型不仅提升设备的灭菌效率，减少软袋表面的灭菌盲区，增强设备的灭菌质量，还可快速冷却设备机体，便于工作人员将灭菌后的软袋取出。