本实用新型涉及内生菌分离技术领域，尤其为一种用于植物内生菌根菌分离纯化装置，包括粉碎机构和纯化装置本体，所述纯化装置本体内部上端设有清洗槽，所述清洗槽内部固定设有若干个网状传送带，所述清洗槽内部两侧固定设有挡板，所述挡板上端固定设有若干个喷淋头，所述清洗槽内部下端倾斜设有网状传送带，所述清洗槽下端联通设有废水箱，旋转轴带动螺旋叶片挤压根茎通过网状切割板进行切割，通过切割刀二次切割，进入碾压槽，通过液压升降杆带动碾压槽在升降滑轨表面上下滑动调节与碾压辊的间距，碾压辊和碾压槽通过表面的研磨块进行研磨，之后通过培养皿接料，方便进行培养内生菌。