本实用新型公开了一种生物活性物质纯化装置，涉及分离纯化技术领域，本实用新型包括纯化设备本体和电机，所述纯化设备本体包括酶解筒和萃取箱，所述萃取箱内固定连接有隔板，所述酶解筒内安装有搅拌机构，所述电机固定安装于所述隔板上，其用于驱动所述搅拌机构的旋转运动，所述搅拌机构上可拆卸安装有过滤机构，所述酶解筒顶部设有通孔，本实用新型中的过滤机构能有效地对破碎压榨后的原液进行过滤，清理机构的设置能有效地对过滤机构上的滤孔进行疏通，进而有效地解决了滤孔易被堵塞的问题，其中的搅拌机构能有效地对加入的分解酶和原液进行搅拌混合，进而使得分解酶能与原液充分接触，其解决了纯化装置酶解效率低的问题。