本实用新型属于微生物培养领域，具体涉及一种微生物平板分离装置，包括：底座、培养皿、置物孔和盒盖；所述的底座中空，上部设有开口，以及与所述开口相适应的盒盖；所述的培养皿和置物孔设置在底座内；所述置物孔的顶部，其开口位于底座内；所述的盒盖与所述的开口相连接的位置设有相对应的磨砂面；所述的盒盖的磨砂面设有至少一个通气孔一，所述的底座对应的位置设有通气孔二，所述的通气孔一和通气孔二相连通。本实用新型所述的微生物平板分离装置，使用时可以直接灭菌，在培养皿内倒入灭菌的培养基，再盖上盒盖，根据微生物需氧量的不同调整培养条件，对于厌氧微生物、好氧微生物以及兼性微生物均可以满足其培养条件。