本实用新型公开了一种实现自动化亲和层析的仪器，包括样品托盘、气泡感应器、进样切换阀、蠕动泵、柱夹、出口切换阀和样品收集架，样品托盘通过气泡感应器连接至进样切换阀，进样切换阀的出口与蠕动泵连接，柱夹用于固定色谱柱，且使色谱柱的前端连接蠕动泵出口，色谱柱下端连接至出口切换阀，样品收集架用于放置试管，且使出口切换阀的出口管路连接至样品收集架的试管内。该仪器使用时无需人为干预，降低人力成本；可实现24小时持续循环使用，提高工作效率；采用气泡感应器与进样切换阀联用，可实现样品的完全进样，避免因亲和柱进气导致的蛋白损伤和柱子载量的降低，减少亲和层析过程的时间，降低蛋白在纯化过程中性质变化，提高蛋白质量。