本实用新型公开了一种食用菌培养基用自动灭菌装置，包括箱门、气管、控制器、机箱、加热器、放置框和辅助机构，本实用新型通过设置了辅助机构于机箱内侧，通过电机带动多棱套和搅拌杆转动，使得搅拌杆在转动过程中对放置框内的培养基进行搅拌，从而提高了培养基的灭菌质量，以及通过拉动支撑块带动连接套向下移动脱离多棱杆外侧，此时将多棱套带动搅拌杆向下移动脱离多棱杆外侧，然后可对多棱杆和轴杆上沾附的培养基进行清理，达到了提高培养基的灭菌质量，同时便于对沾附在灭菌装置内的培养基清理的有益效果。