本实用新型提供一种医用棉签制备用自动化计数机构，涉及医用棉签技术领域。所述医用棉签制备用自动化计数机构包括控制柜，所述控制柜的一侧设置有显示屏以及按钮，还包括：透明防护罩，所述控制柜一侧嵌合有透明防护罩，所述透明防护罩用于对显示屏进行防护；防护组件，所述控制柜一侧连接有防护组件，所述防护组件用于对按钮进行防护。本实用新型提供的医用棉签制备用自动化计数机构具有在显示屏以及按钮的外部设置透明防护罩以及防护组件，能够避免显示屏以及按钮直接暴露在外界环境中，使两者外部以及各缝隙处不会堆积灰尘，从而便于工作人员观看数据，在按动按钮时也更加顺畅的优点。