本实用新型提供了一种冷却水除垢杀菌系统，包括搅拌组件和自动加药组件，所述搅拌组件包括箱体、控制器、电机、杆体和搅拌叶；所述搅拌组件的内部安装有自动加药组件；所述自动加药组件包括铜管、电导率传感器、PH传感器、流速传感器、第一管体。本实用新型通过电导率传感器、PH传感器与流速传感器检测水质的变化、酸碱度，温度与流速，从而使电导率传感器、PH传感器和流速传感器将工作信号通过导线传输至控制器处，控制器通过导线控制计量泵进行开启，计量泵进行定量精确投加阻垢防腐剂和杀菌灭藻剂，对比人工投药，自动加药大大减少了劳动量，降低成本，在线监测、精准投放提高了工作效率，防止铜管结垢且避免了铜管发生腐蚀损坏的问题。