本申请公开了一种瓶胚无菌转运装置，涉及瓶胚运输技术领域，针对针对一些用于装填药剂的瓶胚，由于一般的转运装置结构功能简单，无法满足转运需求的问题，现提出如下方案，其包括转运箱和无菌箱，所述转运箱的内部活动设置有无菌箱，且所述转运箱与无菌箱的周向侧壁之间设置有缓冲保护组件，所述无菌箱的内部滑动设置有托承板，且所述托承板的顶部固定设置有纵隔板，所述纵隔板与无菌箱的内壁滑动接触，所述托承板位于纵隔板两侧的板体上均设置有若干组呈阵列分布的置瓶组件，且所述托承板位于纵隔板两侧的板体上均设置有置瓶保护组件。本申请结构新颖，实现了对瓶胚在转运过程中的有效保护，提高了实用性，适宜推广。