本实用新型提供了一种应用于病原诊断的微流控芯片，该微流控芯片分为三层，包括盖板层、中心层和底层，盖板层中设置有进样孔，进样孔与位于中心层的进样室相连，进样室出口端通过样品粗滤通道与过滤前室连接，过滤前室出口端通过过滤通道与富集室相连，所述富集室出口端连接至反应室。本实用新型为最大限度的减少检测中病原污染扩散，微流控芯片采用了单孔加样后全封闭设计，能够保证检测的准确性并提高检测的灵敏性，各个检测室可以在互不影响的情况下实现多种病原的同时鉴别诊断。