本实用新型提供了一种离心机用自动配平系统，包括离心盘、第一驱动器以及控制器，离心盘上设有多个沿周向均匀分布且用于插装离心管的插装孔位；还包括配平架以及夹取机构，其中配平架上插放有多个预装有设定重量配平液的配平管；控制器用于控制夹取机构将若干预装有相同重量分离液的离心管逐个插放在插装孔位中，当插放有离心管的离心盘配重未达到平衡时，控制器控制夹取机构自动夹取配平架上的配平管，并且将其插放至离心盘上待配平的插装孔位。本实用新型提供一种离心机用自动配平系统，自动化快速配平，操作步骤少，能够间接提高全自动细胞培养设备的细胞生产培养效率。