本实用新型提供了一种鱼类种苗消毒处理系统，包括设置于搅拌罐上端的搅拌进水管、设置于搅拌进水管上的搅拌进水阀及电磁流量计、设置于搅拌罐上的搅拌结构、设置于搅拌罐旁用于向进料口进行消毒原料投放的投放结构、设置于搅拌罐侧壁下端的消毒液出料管、设置于消毒液出料管上的消毒液控制阀、与消毒液出料管连接的消毒进液管、与消毒进液管连接的消毒盆结构和与消毒盆结构可拆卸连接的装载结构，所述消毒盆结构上设置有液位传感器，所述消毒盆结构下端还设置有废液管，所述废液管上设置有废液控制阀，所述消毒进液管还通过清水管与外部清水源连接，所述清水管上设置有清水阀。通过本实用新型能够有效提高消毒处理的效率及质量。