本实用新型公开了一种氢气隔膜压缩机系统，包括机架、设置机架内的氢气控制管路总成、氢气冷却总成、隔膜主机总成、防爆电柜总成和氢气监控预警系统总成，隔膜主机总成由永磁电机驱动总成驱动，氢气控制管路总成输出端设置有低压氢气入口和吹扫气入口，从氢气转运车上接入低压氢气入口的氢气经过氢气控制管路总成上配置的氢气过滤器，再到经过氢气冷却总成的进气冷却管道，冷却后的氢气进入隔膜主机总成压缩后为45MPA压力的氢气，压缩后的氢气再经过氢气冷却总成的排气冷却管道冷却后供加氢机使用。通过上述方式，本实用新型自主研发氢气压缩工艺的流程，简单直接但保证安全的前提下改善到最优工作流程，达到一套设备适用多种模式工况。