本实用新型提供了一种应用于生物处理设备的自动废液排放机构，包括储液器，储液器的上端设有上部开口的集液腔，储液器的下端设有废液流道，集液腔的下端设有与所述废液流道连通的进液口，废液流道的出口端连接有集液管；废液流道中设有第一阀组，集液管的出口端连接有第二阀组；还包括用于控制第一阀组、第二阀组实现互锁的控制器，当第一阀组开启时，第二阀组关闭；当第二阀组开启时，第一阀组关闭。本实用新型提供一种应用于生物处理设备的自动废液排放机构，能够避免排液时外部微生物反向污染腔体，并且自动化程度高，操作方便。