本实用新型涉及核酸检测技术领域，具体公开了一种核酸采样隔离装置，包括隔离支座和隔离膜，隔离支座包括隔离支架和设置在隔离支架上的采样平台，采样平台上方设置有第一滚筒转轴，下方设置有第二滚筒转轴，隔离膜的两侧分别环绕套设在第一滚筒转轴、第二滚筒转轴上，隔离膜上连续设置有若干用于供采样棉签穿过的采样孔，第二滚筒转轴转动以带动第一滚筒转轴转动，使得隔离膜从第一滚筒转轴移动至第二滚筒转轴上。本实用新型通过第一滚筒转轴、第二滚筒转轴互相配合转动，带动隔离膜进行移动，使得隔离膜上的不同的采样孔对不同的民众依序进行咽拭子标本采样，避免了出现二次感染，且能够将降低了医护人员的劳动强度，提高了采样效率。