本实用新型公开了一种牵引变压器二次绕组过电流故障控制系统，牵引变压器的每个牵引变压器二次绕组均设置电流互感器，电流互感器、网侧变流器模块LCM、网侧变流器控制单元DCU/L及牵引系统控制单元PCU依次电连接，形成对于牵引变压器每个牵引变压器二次绕组电流的采样通路；网侧变流器模块LCM的输入端串联电流互感器模块，网侧变流器模块LCM并联电压互感器模块；其中每个牵引变压器二次绕组的输出端串联电流互感器模块，牵引变压器二次绕组过电流时，优先在牵引变流器内部判定为可自复位的受电弓短时离线故障(受电弓弹跳)，仅封锁检测到过电流故障对应的牵引变流器IGBT的输出脉冲。