本实用新型属于地下区间废水泵站水锤防护设计领域，尤其涉及一种地下区间废水泵站水锤防护的系统，地下区间废水泵站水锤防护的系统包括废水泵，所述废水泵位于地下区间废水泵站，所述废水泵的输出端通过扬水管延伸至地面出口并接入到泄压井内，所述泄压井的内部设有溢流堰，所述泄压井的一侧连接下游排水管，另一侧连接补水管，所述补水管的输出端接入到扬水管的起始端处，且所述补水管靠近废水泵站一侧安装有止回阀和电动阀门，所述电动阀门与位于所述废水泵站内的液位计信号连接。不但有效缓解地下区间废水泵站水锤危害，且投资增加很少，施工运维方便，而且整个水锤防护系统自动运行，无需投入人力运维，保障程度高，具有广阔的应用前景。