一种加强除藻型海水淡化预处理系统，包括混凝池、絮凝池、气浮池以及溶气设备；混凝池内设置有超声除藻装置，混凝池的出水溢流口与絮凝池的进水口相连通，絮凝池的出水溢流口与气浮池的进水口相连通，气浮池的出水口与溶气设备的进水口相连通；其中，超声除藻装置包括绝缘箱、振子、超声波发生器以及多个换能器；多个换能器集成安装在绝缘箱内，绝缘箱固定在混凝池内的池壁上，绝缘箱一端通过连接杆连接振子，另一端通过电源线连接超声波发生装置。本实用新型可作为赤潮期藻类污染严重时的应急工艺，藻类污染负荷低时可自动停止超声辐照，实现藻类高、低污染负荷下的自动切换运行模式，并且不会对混凝‑气浮工艺造成影响。