本实用新型公开了一种低碳节能的制药废水处理系统，属于制药废水处理技术领域，包括废水处理罐以及连接在废水处理罐底端的过滤箱，废水处理罐的顶端内嵌固定有顶板，顶板的底端固定有存药筒，存药筒的底端转动插接有驱动轴，且存药筒中吻合插接有与驱动轴螺纹连接的推药板，其中存药筒的外壁顶端呈环形阵列开设有出药槽，驱动轴的底端固定有水流驱动件，过滤箱的中心位置处固定有隔板，且过滤箱顶端面两侧均安装有与过滤箱连通的连接管，废水处理罐的侧壁安装有与水流板水平交错的进水管，该低碳节能的制药废水处理系统，提升了制药废水处理系统的低碳节能效果，更换过滤装置不会对制药废水处理系统的工作造成影响。