本实用新型涉及中药材加工技术领域，公开了一种多功能全自动清洗系统。包括机架、设置于机架上的清洗机构和转运机构，转运机构的进料端设有进料传送机构，转运机构的出料端设有出料传送机构；进料传送机构和出料传送机构均包括机架和设置在机架上的翻转夹持组件。清洗机构包括喷淋机构和加热机构，加热机构与喷淋机构管道连接，喷淋机构包括万向喷头。相比于现有技术，本方案具有自动化程度高、清洗效果好等优点，能同时对料桶进行清洗、干燥和杀菌，完成清洗后的料桶可直接投入使用，充分满足工厂自动化生产的需求。