本实用新型公开了一种用于病害畜禽无害化处理系统的废水处理系统，包括箱体，所述箱体的内部固定安装有固定架，所述固定架的内侧固定连接有搅拌箱，所述箱体的顶部安装有电机，所述电机的输出端贯穿至箱体内部连接有搅拌架，所述搅拌箱与箱体设置有可以过滤杂质的二重过滤机构。本实用新型通过设置的二重过滤机构会将漫出搅拌箱的清水流入到固定板顶端，然后通过设置的网格板可以将切割好的病害畜禽携带的毛发、油脂杂质收集在网格板内侧，而剩余的小型杂质和有机杂质会穿过网格板落在过滤板顶部，通过过滤板可以将小型杂质和有机杂质进行吸附，剩余的去除杂质的清水通过过滤板落在箱体底端，通过设置的抽拉把手可以将过滤板抽出箱体外进行清洗。