本申请公开了一种河床修复系统，涉及河床修复领域，包括河床和河水，河床的一侧位于河水的内部，河床由上而下依次分为土壤层、砂石层和砾石层，河床和河水的交界处设置有沿着交界线分布的土石笼，土石笼的内部填充有密集卵石，河床位于河水内的顶部种植有沉水植物、浮水植物和挺水植物，沉水植物、浮水植物和挺水植物从靠近土石笼的一侧向远离土石笼的一侧依次分布。本申请砾石层能够对下渗的积水进行存储，土工布能够对积水进行过滤，阻隔积水中的颗粒污染物，进而达到调节径流、调节蓄水量的目的，土石笼能够有效阻碍河床受到河水的冲刷，进而对河床进行保护，降低河床的土壤的流失，沉水植物、浮水植物和挺水植物增加生物的多样性。