本实用新型公开了一种木质素分离系统，包括反应釜、溶剂槽、木质素分离罐、第一压滤机、水槽和溶剂/水罐；反应釜内的生物质原料与来自其中一个溶剂槽内的溶剂和酸共同搅拌并加热分解后，大部分木质素溶解于溶剂中，然后被抽吸至另一个溶剂槽内，当初始溶剂槽内溶剂抽完后，将溶剂从另一个溶剂槽反向抽吸经过反应釜至初始溶剂槽内，如此循环重复抽吸多次至木质素基本溶解，再将两个溶剂槽中的液体分别通入两个木质素分离罐内，同时水由水槽分别通向两个木质素分离罐，木质素由溶剂中析出分离，与液体一同进入第一压滤机，挤压分离出的固体为木质素，溶剂和水通入溶剂/水罐内。本实用新型工艺路线简单易行，设备简单，木质素分离效率高。