本实用新型提供了一种厌氧氨氧化菌反应器及废水处理系统，涉及废水处理技术领域，本实用新型提供的厌氧氨氧化菌反应器包括反应器本体和曝气管，反应器本体具有反应区以及通过沉淀区进口与反应区连通的沉淀区，曝气管安装于沉淀区内，曝气管用于向沉淀区进口曝气，沉淀区具有与反应器本体底部旋流布水器连通的水循环口，以使沉淀区内的水回流至旋流布水器。本实用新型提供的厌氧氨氧化菌反应器中曝气管能够冲开沉淀区进口处的污堵，抑制污泥上浮，减少厌氧氨氧化菌的流失，且沉淀区内的水可回流至旋流布水器稀释进水，有利于反应器本体内厌氧氨氧化菌的生长，提高了反应器废水处理能力。