本实用新型公开了一种电动燃油泵控制器系统，包括输入接口，输入接口与接口电路连接，接口电路与滤波电路连接，滤波电路分别与MCU微处理器、电机控制器以及功率桥连接；MCU微处理器的输出端与电机控制器的控制脚连接，电机控制器的输出端与MCU微处理器的输入端连接，电机控制器的控制端分别与功率桥的三相连接，功率桥的输出端分别与无刷电机的三相线连接。本实用新型使得该控制器系统可以兼容车辆的12V系统和24V系统,兼容性强；且控制器的安装位置既可以内置于电动燃油泵的泵体中,也可以设置在电动燃油泵的泵体外，并位于电动燃油泵的壳体内，安装位置的灵活性较高。此外，本申请的控制器系统集成度高、成本低、效率高且寿命长。