本实用新型公开了一种用于二价手足口病灭活疫苗生产的细胞传代操作系统，涉及细胞传代技术领域，包括无菌室和传代操作组件，所述无菌室内设有传代操作组件，所述无菌室顶部设有第一电磁轨道，所述滑板上设有清洗组件和升降控制组件，所述升降控制下方设有输送管，所述清洗组件连通输送管，所述无菌室内部设有第一清洗废水罐、第二清洗废水罐、第三清洗废水罐和第四清洗废水罐；通过设置可以移动的清洗组件，以及在第一电磁轨道上设置电动伸缩杆和连接座来固定输送管，可以在输送管输送细胞工厂、消化液储罐、培养液储罐和废液储罐内部的物质之后，利用清洗组件对输送管进行清洗，避免输送管内转运的物质长期积聚在管壁上。